Uma resposta vaga seria usar o rsync para sincronizar de e para o seu HDD para uma estrutura de arquivos selecionada em seus sistemas. Eu normalmente apenas uso o rsync para enviar alterações do meu servidor para HDDs de backup, mas (sem tentar isso sozinho) não consigo ver por que você não pode rsync para e da unidade. Isso, no entanto provavelmente , não seria algo que você faria automaticamente. Basta ter um script que você poderia chamar quando quiser sincronizar a unidade. Você pode ficar louco e escrever um script para ouvir quando você conecta o HDD específico e, em seguida, inicia os scripts rsync se realmente quiser.