Você precisa instalar o pacote eclipse no gerenciador de pacotes synaptic. Eclipse do centro de software Ubunutu instala apenas o essencial, e não inclui ferramentas java editor / jdk (ou seja, Java Perspective).
Parece estranho que, quando saí, clique em um arquivo no explorador de projetos, ele é aberto com o gedit. Além disso, descobri que, se eu arrastar o arquivo para a direita, ele é aberto como deveria, MAS o arquivo .java não tem sintaxe de cor nem sentido algum!