Para qualquer programa, basta abrir um prompt de comando e executar o programa a partir dele; esse é o caminho óbvio.
Se você estiver escrevendo um programa você mesmo pode colocar um Console.ReadLine()
no final que não irá fechar a janela do console até que Enter seja atingido. Não é muito legal, então provavelmente envolvê-lo em #ifdef DEBUG
torna-o melhor.
De qualquer forma, para o Eclipse, ele não deve ser realmente necessário, pois o Eclipse captura a saída do console do programa executado (pelo menos para mim com Java).
Para o Visual Studio, você pode considerar usar Debug.Print
em vez de Console.WriteLine
para as linhas que realmente deseja ver.
Para todos os casos de um programa próprio, você também pode simplesmente despejar informações de falha em um arquivo.