Eu localizei o problema e no final foi uma combinação de GTK e outros fatores. De alguma forma, o WINE alterou o tamanho da tela física conforme relatado por xdpyinfo
. Como resultado, o DPI foi calculado como sendo 56 - muito pequeno.
A solução foi mudar o servidor X para usar o tamanho correto executando xrandr --screen 0 --fbmm 287x180
.