Se a capacidade do disco rígido do seu Time Machine for alta o suficiente, o Time Machine poderá fazer o backup do seu disco externo. Apenas as unidades externas são excluídas por padrão. Você pode incluir a unidade acessando as Preferências do Time Machine - > Opções Na lista "Excluir estes itens do backup" , remova sua unidade externa. Isso também se aplica a DMGs e Sparseimages que você pode estar usando.
Dito isso, não acho possível usar duas unidades separadas do Time Machine para fazer backup de suas unidades internas e externas separadamente (ou seja, internas para a unidade A e externas para a unidade B).Editar SuperDuper! ou Carbon Copy Cloner são outras opções excelentes para isso, se você não precisar do plano de backup incremental que o Time Machine fornece. A versão paga do SuperDuper permite Smart Updates, que transfere apenas os arquivos alterados. O Carbon Copy Cloner também faz isso usando o rsync como o método de transferência subjacente.
Eu uso o SuperDuper! todas as noites para fazer um backup inicializável da minha unidade interna e também o usei para clonar unidades externas como você deseja fazer.