Você não pode renomear um arquivo de uma codificação para outra. No NTFS, nomes de arquivos são tratados como seqüências de caracteres Unicode nativas e, portanto, não possuem codificação de bytes associada a eles. (Internamente, eles são armazenados na codificação UTF-16LE, mas isso é um detalhe de implementação.)
Você quer dizer que os nomes dos arquivos estão se tornando incorretos no momento devido a uma má interpretação da codificação anterior? Se sim, como eles se parecem no momento?