Se você não quiser usar o iTunes, então não é possível. Existem softwares que podem gerenciar sua coleção de arquivos no seu iPhone, mas qualquer um dos aplicativos meio decentes exige que o iTunes seja instalado de qualquer maneira. Nesse ponto, você também pode usar o iTunes.
Se você está falando sobre a transferência de vídeos com a conversão, a resposta é definitivamente não. O iPhone suporta apenas formatos muito específicos. Você pode encontrar facilmente softwares gratuitos como o WinX Free iPhone Converter que converterá praticamente qualquer formato.
Por último, todos os itens acima estão assumindo que você está usando o Windows. Enquanto o Mac está no mesmo nível para a sincronização iTunesless do iPhone, a única solução que consegui encontrar para sincronizar um 3GS no Linux é instalar o Windows XP em uma máquina virtual.