Não há suporte geral no nível do sistema operacional para "tornar uma pasta protegida por senha".
Como apontado por wallyk, não está claro como isso funcionaria. Todo programa que tentasse ler esta pasta teria que solicitar uma senha. O que sobre programas sem uma interface de usuário (como servidores)?
A melhor solução é criptografar os arquivos, ou a pasta como um todo, como sugerido por Elalfer. Você pode usar, por exemplo, gnupg (ou gpg) para criptografar um arquivo:
gnupg -c <myfile>
solicitará uma senha e criará um arquivo criptografado "myfile.gpg" no myfile. Verifique se o arquivo criptografado está lá e exclua o original.
Dito isto, talvez você possa explicar o que você está tentando proteger, então podemos ajudá-lo melhor.
Por que você está tentando proteger uma única pasta? Sua conta de computador já está protegida por uma senha. Você está compartilhando sua conta? Você está preocupado com pessoas invadindo seu computador? Ou sobre o roubo da máquina?
Dependendo do que você está tentando proteger, pode haver diferentes estratégias para ajudá-lo.