Você já tentou usar o GParted? Eu não tenho uma partição fat32, mas eu carreguei o GParted e com minha partição ntfs desmontada eu posso mudar o rótulo com o botão direito do mouse e selecionando Label . (para NTFS isso requer ter o ntfsprogs instalado também)
O GParted está nos repositórios instalados facilmente a partir do termial:
sudo apt-get install gparted