Você não pode simplesmente reformatar a unidade? O formato rápido deve fazê-lo de maneira relativamente rápida (o formato completo levará horas ...) A menos que eu não esteja entendendo seu problema com clareza ...
EDIT: Eu só estava lendo sobre isso. Seu arquivo TrueCrypt está montado? Se sim, você precisa desmontá-lo antes de poder excluí-lo. Embora eu espere que, se você tentar excluir um arquivo montado, você receba algum tipo de erro de acesso negado que seria uma dica que você precisa desmontar primeiro ...
Também encontrei isso na documentação do TrueCrypt:
"Observe que o tamanho de um volume TrueCrypt dinâmico (hospedado por arquivos esparsos) relatado pelo Windows e pelo TrueCrypt sempre será igual ao seu tamanho máximo (que você especifica ao criar o volume). Para descobrir o tamanho físico atual do contêiner (espaço em disco real que ele usa), clique com o botão direito do mouse no arquivo de contêiner (em uma janela do Windows Explorer, não em TrueCrypt), selecione Propriedades e veja o valor Tamanho no disco. "
Se eu ler isso corretamente, parece que o tamanho relatado pelo Windows é o tamanho especificado quando você criou o contêiner. Então, apesar de parecer um pouco maluco, pode não ser um problema. (Apenas adivinhando aqui embora ...)