Eu uso poedit para traduções de software para o Opera, e nunca tive tais problemas. Os arquivos PO são arquivos de texto, com algumas reviravoltas. Eles vão lidar com traduções multilinha, verifique se há bandeiras como fuzzy. Devo dizer que, por enquanto, eu uso o POedit no Windows, já que o software SVN que eu uso (o Tortoise SVN) só roda no Windows, e estou com preguiça de encontrar o equivalente no Linux.
Você deve conseguir carregá-los em qualquer editor compatível com UTF8. Eu não conheço todos os editores do Linux, embora eu gostaria muito de saber mais sobre isso. Uma das características dos arquivos UTF-8 é que todas as letras acentuadas são representadas em dois bytes, em vez de uma, com uma especial como o primeiro byte.
Neste ponto, sua melhor aposta seria procurar por editores UTF-8 no linux. Tenho certeza de que o OpenOffice deve ser capaz de fazer o truque. Tente carregar seu arquivo neste editor e salve-o novamente, talvez com um nome diferente. Além disso, há várias linhas no início que falam sobre o idioma traduzido, o autor, o número de revisão, etc. Lembro-me de ter visto avisos sobre esses campos ausentes.