Você pode desativar o cache de proxy, conforme descrito aqui: Como desabilitar o cache de proxy automático no Internet Explorer
Também é muito intrigante que a seguinte chave do Registro não mude:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Connections
Como a diferença é apenas um pouco, pode ter sido negligenciada.
Veja este tópico para um exemplo de valores diferentes (pule para o final): Registro chave para a opção "Auto Detect Settings" do IE
Nota: Se não conseguir ver o comentário final, pesquise este artigo através de google e clique nele. Esta é uma particularidade do experts-exchange.com.
Você pode usar as informações deste segmento para criar um script em lote para redefinir o registro para seus valores corretos.