Você não deve se preocupar. As assinaturas do MSDN fornecem licenças de versão de lançamento. Você agora adquiriu duas licenças para o Expression Studio.
Qual número de licença que você insere é insignificante. Como você pode ver, sua cópia paga é totalmente licenciada por sua licença de assinatura do MSDN. Quanto à localização real dessas licenças, elas devem estar no registro ou em arquivos especiais nas pastas do sistema. Os detalhes reais dos quais nunca são descritos pela Microsoft, pelas razões óbvias.