Uma aceleração do ventilador destina-se a neutralizar o aquecimento do seu sistema. Então, ou o seu sistema está realmente esquentando (talvez você esteja jogando um jogo intensivo de gráficos ou algo assim) ou o seu sistema "pensa" que está esquentando quando você está no modo de monitor único.
Com relação aos ventiladores se aquietarem imediatamente quando você alternar de 1 modo monitor para 3 modo monitor: não faz sentido para mim que eles estejam correlacionados, a menos que a alteração da configuração altere a política de ventiladores em seu sistema de alguma forma.
Caso contrário, não conheço nenhum motivo para a velocidade do seu ventilador ser afetada pela configuração do seu monitor.