Não há problema em mover o arquivo .vmware para outra partição para que todas as E / S de disco dessa VM estejam na partição (ou disco separado) - é só uma questão de mover o arquivo da VM e abri-lo novamente Fusão.
No entanto, se você quiser colocar o conteúdo da sua imagem VMWare em sua própria partição, isso só é suportado (pelo Fusion) com uma instalação do Boot Camp.