Você pode experimentar o FeedDemon (Windows) e o NetNewsWire (Mac), ambos sincronizados por meio do Google Reader, então você não precisa usar a interface web. Ambos os apps farão bookmarking (estrelado) e sincronização completa de leitura / não lida.
Existem também clientes para dispositivos móveis que sincronizam através do Google Reader, como o NetNewsWire para iPhone ou o da versão embutida da plataforma Android.
Não vi um aplicativo Gnome / KDE para sincronização com o Google Reader.