O fato de o Windows ser usado para iniciar não é realmente um problema do Windows - Qualquer sistema operacional que você escolha, ele sempre será via essa máquina.
O que eu recomendo que você fez foi usar algo como o Rsync (se possível) ou se você tiver acesso ao shell, faça uma cópia direta de um NAS para outro.
Você pode transferir arquivos diretamente, caso tenha um cabo de rede cruzado e atribua os endereços IP manualmente.
Dito isto, eu pessoalmente teria essa mudança! parece ser um preço muito bom e resolveria o problema de mudar o IP de volta quando você estiver pronto (se esses forem NASs sem cabeça), e é melhor se você estiver fazendo grandes transferências de arquivos no futuro.