Você pode tentar atualizar o BIOS. Às vezes, as atualizações do BIOS podem corrigir problemas como esse. (leia os avisos do fabricante antes de continuar com isso)
Eu tenho um Amilo-Pro 3505 com Windows 7 instalado e um Samsung HDD externo em USB. Se eu emitir um comando de desligamento, o laptop não parece desligar completamente, pois o ventilador ainda está funcionando. Eu não posso fazer muito (o botão de energia de 5 segundos não faz nada), e tenho que desconectar o cabo USB do HDD para finalmente observar um desligamento. Se eu tiver o disco rígido ligado, meu laptop não parece ligar a todos (os fãs vão, mas a tela preta). (O mesmo HDD externo não causou problemas no meu Acer Travelmate 2492 com W7)
Por que isso? Preciso definir opções de energia?
Acho que encontrei a explicação. O cabo USB back-power meu computador após o desligamento até um certo nível: o 5V é o suficiente para iniciar o ventilador e o DVD auto-init, mas não o suficiente para alimentar toda a máquina. Esta tensão interfere com a fonte de alimentação regular e não pode iniciar ou parar a máquina corretamente. A solução é desligar ou retirar o rack externo antes de iniciar ou parar o laptop.