A 9400M é uma solução integrada; ele "pega emprestado" parte da RAM do computador para sua própria memória e faz a aceleração de vídeo (para reproduzir vídeo em HD sem problemas) e permite que você faça alguns jogos leves. Também usa menos bateria do que a 9600M GT.
A 9600GT é uma solução discreta; tem 256MB de sua própria VRAM dedicada. Isso faz com que seja melhor para jogar jogos em detrimento de alguma duração da bateria. Também faz aceleração de vídeo.
O interessante do MacBook Pro é que ele permite alternar entre os dois (não tenho certeza se você precisa reinicializar para fazer isso). Se você está em movimento e não precisa de toda a energia que a 9600M GT oferece, você pode alternar para o 9400M e economizar energia. Se você precisar do impulso, você pode ativar a 9600M GT.
Espero que isso ajude! -Kyle