Eu gostaria de verificar se o ACPI e o APIC e tudo o mais está habilitado para a placa-mãe e também no Ubuntu. A placa-mãe pode ter apenas drivers que são compatíveis com o Windows devido a algumas peculiaridades de como eles são feitos.
Você não menciona a idade do sistema. Na minha experiência, apenas os últimos anos da Compaq jogaram muito bem com o Linux.