Se inicializar o Windows diretamente, o sistema é UEFI, não BIOS.
E sim, você pode excluir com segurança as partições do Ubuntu. Agora, o que você provavelmente fará depois disso - expandindo uma ou mais partições - é geralmente seguro, mas qualquer operação de partição tem riscos intrínsecos.
Sempre tenha um backup atual antes de fazer alterações tão drásticas.