I'm having some problems with another version of SSH that I have installed on a windows machine.. I don't know how it got installed... but it is there: C:\Windows\System32\OpenSSH
O Windows 10 1803 possui o recurso Windows, o OpenSSH Client instalado por padrão. Você pode remover este recurso do Windows com o seguinte comando em um prompt de comando elevado do PowerShell.
Remove-WindowsCapability -Online -Name OpenSSH.Client~~~~0.0.1.0
Depois de executar uma reinicialização, você pode verificar se ela foi removida com o seguinte comando em um prompt de comando elevado do PowerShell.
Get-WindowsCapability -Online | ? Name -like 'OpenSSH*'
For some reason, I can't seem to be able to uninstall that OpenSSH from my machine but it messes up my rsync commands.
Você também pode remover esse recurso no local típico. Os recursos do Windows estão listados no aplicativo Configurações UWP. Eu estou supondo que você não está ciente desse fato e está procurando em Control Panel\Programs\Programs and Features
How can I either uninstall that OpenSSH on system32 or have my CLI use the one installed on cygwin64.
Você realmente tem uma versão muito recente do OpenSSH já instalada.