Encontrou este artigo: "Corrigir cabeçalhos de e-mail inválidos ao mover do Thunderbird para o IMAP" , onde um script Python é proposta que corrige todos os arquivos de caixa de correio em um determinado diretório.
Mesmo que você não use o Python, deve ser muito fácil fazer o mesmo em outro idioma ou em um editor de texto ou sed. Aparentemente, isso resolveu o problema para o autor do artigo.