Há uma biblioteca interna de músicas e seus metadados. Quando o dispositivo está conectado no modo de armazenamento em massa USB, você pode adicionar e remover arquivos de música sem atualizar a biblioteca de metadados. O armazenamento em massa USB é um dispositivo de bloco e o telefone não tem visibilidade das operações em nível de sistema de arquivos executadas nele.
Quando o aplicativo Music Player detecta que os arquivos de música podem ter sido alterados, ele verifica os arquivos para ver se há alterações a serem atualizadas. Nada de errado com isso, mas pode demorar um pouco, especialmente se você tiver muitas músicas no dispositivo.
Uma possibilidade de se livrar do popup não é conectar-se no modo de armazenamento em massa USB, mas usar o modo PC Suite e transferir músicas usando o Gerenciador de Música do PC Suite. Dessa forma, o dispositivo pode acompanhar as alterações reais no sistema de arquivos.