Por 1080p, suponho que você quer dizer 1920x1080. Use
ffmpeg -i left.mp4 -i right.mp4 -filter_complex
"[0]noise,subtitles=subs.srt,scale=1920x2160,setsar=1[l];
[1]noise,subtitles=subs.srt,scale=1920x2160,setsar=1[r];
[l][r]hstack" -crf 18 -c:a copy -metadata:s:v stereo_mode=left_right out.mkv
Consulte os documentos do filtro noise para alterar seus valores padrão.