Por sorte, consegui encontrar o motivo para essa contagem muito alta de identificadores. Foi um Comodo Internet Security 10.0.2. Depois de interromper todos os serviços e processos relacionados ao CIS, o sistema parou de vazar as alças. O identificador com vazamento era do File
type apontando para HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\services\CmdAgent\CisConfigs
. Então, antes de desinstalá-lo, apaguei toda a chave %code% . Baixou a mais nova versão 11 do CIS e agora está tudo ok. Note que ter um 150k ou mais handles para SYSTEM adiciona de fato uma sensação muito clara de microstuttering principalmente em jogos e máquinas virtuais iniciadas na máquina. CmdAgent\...