Parece que você está procurando no CLI para a opção de --purge-historical-versions available que só está disponível em um:
This removes some or all historical versions that were uploaded from the local computer, on a schedule you can specify. This can free up space in your account.
No Linux, é usado da seguinte forma:
SpiderOakONE --purge-historical-versions --verbose
Consulte o manual para opções de remoção seletiva de entradas.