Você tem duas soluções:
- Tire seu HDD do seu computador, conecte-o a outro computador e formate-o a partir dele
- Use um DVD / USB ativo para inicializar em um sistema operacional temporário e limpar seu HDD
Note que depois de limpar o seu disco você precisará reinstalar completamente um sistema operacional, então sugiro a solução # 2, já que quase toda mídia vem com seu próprio instalador.