TL; DR
Use dconf-editor (ou qualquer outro editor de xsettings que você tenha) para definir o atributo active to false em org.mate.SettingsDaemon.plugins.xrdb .
Seu DM deve carregar o arquivo .Xresources como parte de seu wrapper de sessão. Caso contrário, adicione-o ao seu .xprofile ou .xsessionrc no Debian.
Explicação abaixo:
Então eu cliquei e substituí meu binário xrdb por um script bash que registrava o processo de chamada, a data e hora e os argumentos em um arquivo.
Ele mostrou meu xrdb -merge ~/.Xresources sendo executado, seguido de mate-settings-daemon . Eu verifiquei isso com xrdb -query , e eis que realmente mostrei minhas configurações, exceto que o plano de fundo e o primeiro plano foram substituídos.
Então eu pesquisei e encontrei a fonte para o mate-settings-daemon: link que também carrega o meu arquivo de configurações, mas depois substitui as cores do tema!
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Portanto, dconf-editor encontra org.mate.SettingsDaemon.plugins.xrdb com o atributo active definindo isso para false e resolve o problema.