Os aplicativos do Office usaram o DDE (Dynamic Data Exchange) por um tempo para a maioria das comunicações entre o MSOffice. É improvável que isso mude em uma versão futura.
O DDE habilita muitas das funcionalidades avançadas de aplicativos cruzados no Office, e eu não acredito que os manipuladores de protocolo de sistema sequer comecem a ter as funções que o DDE oferece.
Supondo que você esteja lidando com o botão "Enviar para o OneNote" no Outlook ou em outros produtos do Office, isso não está procurando o manipulador para os vários tipos de arquivo do OneNote. Em vez disso, ele está empacotando os dados do conteúdo de origem e, em seguida, enviando esses dados diretamente para o OneNote, não é necessário verificar as configurações do protocolo ou do manipulador de arquivos.
Na verdade, o botão Enviar para o OneNote nos produtos do Office também não pode ser reprogramado. É um plugin, aplicado pela instalação do OneNote for Office. Desinstale o OneNote da sua instalação do Office e este plug-in e botão desaparecem.
Para ser franco: o botão Enviar para o OneNote nos produtos do Office só irá enviar para a versão do Office do OneNote.
Isso significa que sua solução é criar um novo botão. Deve ser bastante simples, na verdade. Você só precisa de um botão que acione um trabalho de impressão e envie para a função Imprimir para o OneNote e, em seguida, verifique se a versão do aplicativo do OneNote é o aplicativo padrão do OneNote.