set /p varName= solicitará que você insira um valor a ser salvo em varName . Suas declarações if precisam verificar varName em vez de algo completamente diferente.
Atualmente, você está definindo :choice e verificando c . (% c%)
Tente mudar
set /p :choice=
if /I "%c%" EQU "Y" goto :YES
if /I "%c%" EQU "N" goto :NO
Para
set /p choice=
if /I "%choice%" EQU "Y" goto :YES
if /I "%choice%" EQU "N" goto :NO
Note que no meu exemplo eu também removi o ":" antes da "escolha" no seu comando set /p , já que parece desnecessário e significaria que suas declarações if precisariam ser if /I "%:choice%"