Crie um pacote choco (ou apenas um arquivo de lote simples) que será iniciado após a atualização do choco que simplesmente iniciará o arquivo .reg criado para remover as chaves de execução automática de que você precisa. Dessa forma, você também pode atualizar ou adicionar algumas chaves do Registro ou fazer outras coisas (por exemplo, no sistema de arquivos) para que mais tarde você possa encontrar um uso mais universal para essa etapa de pós-implantação.