-codec copy não existe (definitivamente não está no pipe com ffmpeg.exe e x265.exe (20180506-0736f32-win64-static) mais recentes). também não é tão eficaz mover anexos em cada passagem até alcançar a saída final. Nesse caso, o mkvmerge.exe ganha mais do ffmpeg.exe
mkvmerge.exe -o "X:\done.mkv" "K:\encoded.mkv" -A -D -S -B -T --no-chapters --no-global-tags "O:\source.mkv" "K:\audio.flac"