Se você quer simplesmente uma partição que está fora do campo de visão do observador casual, você pode criar uma partição desse tipo (e não atribuir uma letra de unidade) contanto que você tenha (ou diminua outra partição) cuidados sobre o redimensionamento de partições se aplicam!) espaço livre deixado em uma unidade.
A partição System Reserved parece estar lá para manter os componentes do carregador de boot, etc. - danificar qualquer coisa pode tornar o sistema não inicializável. Notavelmente, existem instruções sobre como instalar um Windows 7 sem SR, com os arquivos do carregador de inicialização indo para a partição do sistema. Eu abordaria com cautela aqui, cenários como uma partição C: grande o suficiente para cruzar qualquer LBA legado ou o limite de tamanho da partição poderia render surpresas desagradáveis.