A opção "escolher pastas" de alguma forma não incluiu todas as pastas. Os arquivos que não estavam em uma pasta foram selecionados em todas as máquinas, mas uma combinação diferente de pastas foi selecionada em cada uma delas. Parece que as pastas criadas localmente foram selecionadas, mas outras não estavam aparecendo. Sincronize todos os arquivos e pastas que foram misteriosamente desativados, então liguei e eles estão todos funcionando bem agora!