Eu tentei em seguida, mas acabou de baixar o módulo localmente (não apareceu no github)
git submodule add https://github.com/FFmpeg/FFmpeg
Você está perdendo um parâmetro - o caminho onde o repositório do submódulo será adicionado ao repositório principal.
Tente:
git submodule add https://github.com/FFmpeg/FFmpeg FFmpeg