Seu problema é que o programa não aparece na área de notificação. O Ubuntu natty tem uma lista de permissões para apenas alguns programas aparecerem. Mas há uma maneira fácil de reativar o Systray para todos os aplicativos ou colocar na lista de permissões alguns aplicativos que você não pode viver sem.
Para ativar a Área de Notificação (Systray) para todos os aplicativos, execute o seguinte comando em um terminal:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Você só pode colocar um aplicativo na lista de permissões, se desejar, usando o seguinte comando:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray', 'YOUR_APPLICATION']"
O comando acima inclui os aplicativos já permitidos (por padrão), portanto você deve substituir "YOUR_APPLICATION" pelo aplicativo que deseja colocar na lista de permissões.
Para a proximidade azul:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray', 'proximity']"
No Ubuntu 13.04, a lista branca da systray é codificada para que a alteração da configuração acima não funcione mais. Use este link ppa e siga as instruções para ativar a lista de permissões e defini-la como "[' all '] "