Supondo que ambos os impostos são percentuais de taxa fixa sem tetos e que são tributáveis nos mesmos tipos de itens, você provavelmente precisará adicionar os dois percentuais juntos.
Se alguma das condições acima não for verdadeira, você tem um problema. Eu escrevo meu próprio software de contabilidade, então não sou experiente em primeira mão com o QuickBooks. Não permite nenhum outro tipo de definição de imposto? O pacote Meus Recebíveis permite várias taxas de imposto, mas você só pode aplicar uma taxa por item de linha em uma fatura.
Outra maneira possível de resolver isso se tudo o mais falhar é inserir o imposto do condado como um item de linha separado em cada fatura, o que significa que você precisa designá-lo como não tributável e calcular o valor com base no imposto itens manualmente (com uma calculadora) e espere que seu software tenha a opção de imprimir um relatório para um código de item de linha de transação específico.