Você simplesmente precisa de dois loops for
aninhados: -
for /d %d in ("\Full\Path\To\Folder 1"\*) do ( cd "%d" & for /d %s in (*) do xcopy /s "%s"\* "\Full\Path\To\New folder\%s"\ )
Se você colocá-lo em um arquivo de lote, precisará duplicar os sinais %
.
Usar cd
é uma opção, mas você também pode usar caminhos de diretório completos, embora seja necessário analisar variáveis para definir o caminho de destino.