"Memória" e "arquivos temporários" são coisas diferentes.
A memória é normalmente RAM. O Linux gerencia sua RAM automaticamente, sem necessidade de limpeza; Se houver algum processo se comportando mal e usando muita memória RAM, basta pará-lo. Os navegadores são criminosos clássicos lá; Eu preciso fechar o meu (e reiniciar) a cada duas semanas. O Gnome-shell é outro conhecido como o leaker de memória.
Para a parte do arquivo, você pode instalar o Ubuntu Tweak e usar o módulo zelador:
Veja também Quão seguro é o zelador do Ubuntu tweak? . Você também pode instalá-lo usando um PPA, procure aqui no WebUpd8 ( ainda está ok para 14.04).
Considere de qualquer maneira que, se você limpar um cache, os dados precisarão ser recarregados / reconstruídos, então o efeito é, na maioria das vezes, retardar as coisas (1). Por exemplo, limpar as miniaturas do nautilus significa que elas devem ser reconstruídas novamente, o que causa lentidão na navegação de arquivos.
(1) a única exceção aqui é o apt-cache e os kernels antigos --- em condições normais, no desktop, eles quase sempre perdem espaço.
Se o seu sistema está realmente desacelerando, um aplicativo "desonesto" ou com vazamento é o motivo mais comum. Tente pegá-lo com top
ou ferramentas similares , e se você encontrá-lo, postar uma pergunta mais específica ou um relatório de bug.