Eu não acho que isso esteja relacionado ao ConEmu.
- Feche todos os consoles completamente, verifique se não há processos ConEmu em execução, inicie o terminal.
- Se o passo anterior não ajudar, tente reiniciar o seu PC e reinstale o Git.
- Tente executar o ConEmu em
Win+R
da seguinte forma:ConEmu64.exe -basic -run {git bash}
. - Por fim, execute
git-bash.exe
sem o ConEmu. Se não funcionar, você deve entrar no rastreador de problemas do git-for-windows.