Você pode fazer isso digitando o nome do programa antes do nome do arquivo.
Então, para abrir o index.html com o gedit de um terminal que você usaria:
gedit index.html
Deve-se notar que isto irá rodar a partir do terminal, se você quiser separá-lo e continuar usando o terminal simplesmente adicione um &
após o comando, por exemplo:
gedit index.html &