Como uma solução aceitável, usei NSSM (Gerenciador de serviços não-sugadores) para instalar um serviço para o Throttlestop. Minhas tentativas anteriores não funcionaram porque o .exe não era um executável de serviço.
Acabei de instalá-lo com nssm install fixcputhrottle
, coloquei o caminho para o throttlestop.exe e reiniciei. Ele não entra em vigor na tela de login, mas alguns segundos após o usuário ter logado, o que é satisfatório no meu caso.