Não é possível instalar janelas na mesma unidade da qual você está instalando. Você precisará criar uma unidade USB inicializável separada usando a ferramenta de criação de mídia à qual você está vinculado. Um ISO não é necessário.
O SSD externo não deve ser particionado nem formatado. O Windows faz isso sozinho. No momento da instalação, você poderá escolher o seu disco de destino para instalar.
Você não mencionou a inicialização dupla do seu sistema. Depois que o Windows for instalado, ele modificará seus arquivos de inicialização e o Ubuntu não será mais inicializável. Mas ainda existirá na unidade interna original.
Novamente, você não mencionou a inicialização dupla, que é um tópico completamente diferente. Portanto, a melhor coisa a fazer é desconectar sua unidade interna antes de instalar o Windows. Então, se tudo correr bem, você poderá conectar a unidade interna de volta e inicializar o Ubuntu. Se você quiser inicializar o Win 10 na unidade externa, é possível conectá-lo e usar o menu de seleção de inicialização da sua placa-mãe (F2, F12, etc.) e escolher a unidade externa.
Além disso, o Windows 10 não possui todos os drivers USB 3.0. Talvez seja necessário instalar em uma porta USB 2.0, até que você tenha carregado todos os drivers e, provavelmente, mude para o USB 3.0.