Ok, isso é ridiculamente fácil de corrigir. Eu me sinto tão estúpida e só quero apagar a minha pergunta completamente, mas eu acho que alguém pode se deparar com essa questão um dia, então eu vou deixar isso.
No Krita, redimensione o painel de ferramentas.
É isso. Agora a janela tem seu botão de maximização de volta, e ela pode ser redimensionada novamente na vertical novamente.
Ugh ...