Não, não há como especificar em um link magnético, a qual camada um rastreador é adicionado.
Não há nada na especificação do protocolo BitTorrent sobre como fazer isso.
Portanto, cabe ao implementador de um cliente decidir como fazê-lo.
O dilúvio, como você percebeu, adiciona todos os rastreadores à camada 0. Outros clientes, por exemplo: µtorrent, adicionam todos os rastreadores em sua própria camada separada.