Você pode separá-lo de seu processo atual com nohup
e &
if [ = "groovy" ] then cd Works/Groovy/groovy-1.8.6/bin nohup ./groovyConsole & fi
Isso deixaria o comando groovyConsole em execução até que você o mate. Isso não fecha a janela do terminal, embora você compre isso assim ...
sh Starter.sh groovy && exit