O Gmail funciona de forma bem diferente de outros serviços IMAP. Esta pasta do GMAIL é especial. Ele não contém uma cópia do email, mas um link para ele.
Sim, o Thunderbird não entende realmente isso e o vê como dois e-mails, mas se você definir um deles como lido, o outro também será lido.
Mas eles são mais como filtros ou pastas de pesquisa.
Dito isto, sim, você pode simplesmente desabilitar isso.
Clique com o botão direito do mouse em sua conta do Gmail, onde o pequeno ícone de recolhimento está na frente, e clique em inscrever-se.
Uma nova lista com todas as assinaturas de pasta é mostrada. Desmarque tudo abaixo da pasta [Gmail] e pressione OK. Você não pode ocultar a pasta [Gmail] em si, mas o restante desapareceu.
Você pode optar por manter a pasta de spam se quiser ver spam, mas também pode decidir exibi-la apenas se realmente precisar dela.
Eu sempre tenho essas pastas desmarcadas e funcionou para mim no passado ... Eu não sei quantos anos.