Esta será a minha opinião, já que você é quem está carregando o risco e, como os comentários mostram, existem várias maneiras de lidar com isso. Afinal, você já apresentou dois de sua preferência.
Se você olhar para o artigo da Wikipedia sobre o RAID 6 , ele afirma:
According to the Storage Networking Industry Association (SNIA), the definition of RAID 6 is: "Any form of RAID that can continue to execute read and write requests to all of a RAID array's virtual disks in the presence of any two concurrent disk failures. Several methods, including dual check data computations (parity and Reed-Solomon), orthogonal dual parity check data and diagonal parity, have been used to implement RAID Level 6."
Portanto, o nível do RAID deve ser bom, mesmo se você remover dois discos de uma só vez. Isso disse que eu não faria isso. A remoção de discos poderia afetar o desempenho da matriz de disco (dependendo da carga) e também significaria que, com um erro adicional, você poderia comprometer toda a matriz.
Como tal, eu optaria por substituir o disco que parece pior, esperar que a reconstrução termine e substitua o segundo disco.