Para uma solução de linha de comando, use o shuffle do pdftk para obter um novo pdf com páginas organizadas na ordem desejada. Em seguida, use pdfjam para colocar 2 páginas de um lado ao lado.
pdftk input.pdf shuffle 1-15 16-End output temp.pdf
pdfjam temp.pdf --nup 2x1 --letterpaper --landscape --outfile output.pdf
EDIT apenas testou minha sugestão do comentário para virar a segunda metade de 180 ° para ter fronteiras semelhantes e fez um tratamento com um pdf de amostra de 4 páginas:
pdftk input.pdf cat 1-2 output temp1.pdf
pdftk input.pdf cat 3-4south output temp2.pdf
pdftk A=temp1.pdf B=temp2.pdf shuffle A B output temp.pdf
pdfjam temp.pdf --nup 2x1 --a4paper --landscape --outfile output.pdf
Embora esteja sendo testado no Windows e usando o Acrobat Reader para impressão 2em1